Promover el desarrollo de alta calidad de la agricultura es un requisito inevitable para lograr la transformación de un país agrícola grande a uno poderoso, y la optimización de la asignación de factores es un requisito previo. En este documento, utilizamos modelos econométricos espaciales para analizar el impacto de la asignación incorrecta de factores en el desarrollo de alta calidad de la economía agrícola basado en datos de panel de 154 ciudades a nivel de prefectura en regiones productoras de granos principales de 2004 a 2020. Encontramos que la asignación incorrecta de factores era relativamente baja a nivel de prefectura, con una disminución anual promedio del 0,82 por ciento, en comparación con un aumento anual promedio del 1,29 por ciento para el desarrollo de alta calidad de la economía agrícola. La asignación incorrecta de factores inhibió las mejoras en el desarrollo económico agrícola de alta calidad en ciudades adyacentes. Esta conclusión se mantuvo estable después de una serie de pruebas, y el efecto inhibitorio mostró una heterogeneidad espaciotemporal significativa debido a diferencias en la ubicación geográfica, nivel de desarrollo y métodos de asignación de factores. Al mismo tiempo, una prueba de mecanismo demostró un debilitamiento continuo del efecto inhibitorio, acompañado por la optimización y la mejora de la industria agrícola, así como un progreso científico y tecnológico agrícola. Además, las pruebas no lineales demostraron que el impacto de la asignación incorrecta de factores en el desarrollo de alta calidad de la economía agrícola presenta características no lineales significativas a medida que avanza la ciencia y tecnología agrícolas.