En las últimas décadas, las especies de cetáceos en todo el mundo han sido protegidas, pero aún están amenazadas. El delfín mular es una especie clave vulnerable y un bioindicador útil de la salud y el equilibrio de los ecosistemas marinos en los océanos de todo el mundo. La estructura genética de la especie está moldeada por su especialización en nichos (junto con otros factores), lo que lleva a la clasificación de dos ecotipos: costero y pelágico. En este estudio, se evaluaron la diversidad genética, la estructura poblacional y los ecotipos de los delfines mulares de las Islas Canarias a través del análisis de 49 nuevas muestras de biopsias y de animales varados utilizando la porción de 636 pb de la región de control mitocondrial y 343 individuos de bases de datos (392). Los resultados revelan una alta diversidad genética en los delfines mulares canarios (Hd = 0.969 y = 0.0165) y la aparente falta de estructura genética poblacional dentro de este archipiélago. Se encontró una alta estructura genética (st, st) entre las Islas Canarias y las poblaciones costeras, mientras que se encontró poca o ninguna estructura con las poblaciones pelágicas. Estos resultados sugieren que los delfines mulares canarios son parte de poblaciones de ecotipo pelágico en el Atlántico Norte. Las Áreas Especiales de Conservación estudiadas en las Islas Canarias pueden corresponder a un punto caliente de diversidad genética de la especie y podrían ser un área estratégica para la conservación del ecotipo oceánico de los delfines mulares.