La dehiscencia de las cápsulas es uno de los principales factores que desempeñan un papel vital en el rendimiento final de muchos cultivos, incluido la soja, y por lo tanto, es importante elucidar los mecanismos genéticos asociados con este rasgo. En este estudio, se realizó un análisis morfológico, fisiológico y bioquímico de las cápsulas y rasgos relacionados en 170 genotipos de soja de diversos orígenes. Posteriormente, se llevó a cabo un estudio de asociación a nivel genómico (GWAS) utilizando marcadores Silico-DArT y SNPs DArT. En total, se identificaron 48 QTLs con 14 QTLs estables, ubicados principalmente en los cromosomas 6, 13 y 16, correspondientes a la dehiscencia de las cápsulas y rasgos relacionados. De los genes candidatos putativos, se enfatizaron dos genes más estables e importantes para la dehiscencia de las cápsulas con funciones conocidas a partir de los QTLs: Glyma.13G184500 y Glyma.16G141100, que codifican factores de transcripción, una proteína que contiene un dominio bromodominio de unión al ADN y una proteína de dedo de zinc C2H2, respectivamente. Finalmente, se implementó un enfoque de predicción genómica para seleccionar los genotipos más resistentes a la dehiscencia de las cápsulas. Los marcadores derivados del GWAS confirmaron la predicción estable de la dehiscencia de las cápsulas en los accesos estudiados de diferentes poblaciones y se seleccionaron con éxito los mejores genotipos de soja no dehiscentes.