La descarga de aguas residuales y efluentes industriales con altas concentraciones de contaminantes en cuerpos de agua incrementa la eutrofización. Las cianobacterias, organismos cuyo crecimiento se ve favorecido por altas concentraciones de nutrientes, son resistentes y producen diversos tipos de toxinas, conocidas como cianotoxinas, altamente dañinas para los seres humanos. Los sistemas actuales de tratamiento de agua para el suministro público de agua no son eficientes en la degradación de toxinas. Se han probado procesos de oxidación avanzada (POA) para la eliminación de cianotoxinas con resultados positivos. Este estudio examina la aplicación de la fotoelectrooxidación en la degradación de cianotoxinas (microcistinas). Se evaluó por separado el rendimiento de los procesos oxidativos involucrados: fotocatálisis, electrólisis y fotoelectrooxidación. Los resultados mostraron que la corriente eléctrica y la radiación UV estaban directamente asociadas con la degradación de toxinas. El sistema PEO es eficiente en la eliminación de cianotoxinas, con una tasa de reducción del 99%. La concentración final de toxina fue inferior a 1 μg/L de microcistina en la solución tratada.