Aunque Planktothrix agardhii a menudo produce floraciones tóxicas en cuerpos de agua eutróficos alrededor del mundo, se sabe poco sobre el destino de la materia orgánica liberada por estas abundantes cianobacterias. Por lo tanto, este estudio se centró en estimar el consumo bacteriano del DOC y DON (carbono orgánico disuelto y nitrógeno orgánico disuelto, respectivamente) producidos por cultivos axénicos de P. agardhii e identificar algunas de las OTU bacterianas (unidades taxonómicas operativas) involucradas en el proceso. Tanto P. agardhii como los inóculos bacterianos fueron muestreados del embalse eutrófico de Barra Bonita (SP, Brasil). Se observaron dos fases distintas de degradación de carbono: durante los primeros tres días, se calcularon coeficientes de degradación más altos, que fueron seguidos por una fase de degradación más lenta. El valor máximo observado para el carbono bacteriano particulado (POC) fue de 11,9 mg L-1, que consistió en el 62,5% del DOC total disponible, y su coeficiente de mineralización fue de 0,477 día-1 (t½ = 1,45 días). Se observó un patrón de degradación similar para el DON, aunque los coeficientes fueron ligeramente diferentes. Se observaron cambios en los patrones de OTU durante las diferentes etapas de la degradación. Las principales OTU se relacionaron con las clases Alphaproteobacteria (8 OTU), Betaproteobacteria (2 OTU) y Gammaproteobacteria (3 OTU). El género Acinetobacter fue el único organismo identificado presente durante todo el proceso. La riqueza bacteriana fue mayor en la fase de degradación más lenta, lo que podría estar relacionado con las pequeñas cantidades de materia orgánica disuelta (MOD) disponible, en particular carbono. La cinética de la degradación bacteriana de la MOD originada por P. agardhii sugiere una pérdida mínima de MOD en el embalse de Barra Bonita.