La conservación de los bosques es de particular preocupación en las regiones tropicales donde aún existe un gran refugio de biodiversidad. Estas áreas están amenazadas por la deforestación, la degradación forestal y la fragmentación. Especialmente, las presiones de las actividades antropogénicas adyacentes a estas áreas influyen significativamente en la efectividad de la conservación. Ecuador fue elegido como área de estudio ya que es un centro de ecosistemas forestales y biodiversidad de relevancia global. Identificamos puntos críticos de deforestación a nivel nacional en el Ecuador continental entre 1990 y 2018, analizamos los impulsores más significativos de la deforestación a nivel nacional y de bioma (la Costa, los Andes, la Amazonía) así como dentro de las áreas protegidas en Ecuador utilizando análisis de regresión múltiple. Separamos el sistema nacional de áreas protegidas (SNAP) en niveles de protección más altos y más bajos. Además del SNAP, también consideramos Reservas de la Biosfera (RB) y sitios Ramsar. Además, investigamos las tasas y patrones espaciales de deforestación en áreas protegidas y zonas de amortiguamiento (5 km y 10 km hacia afuera de los límites de las áreas protegidas) utilizando métricas de paisaje. Entre 1990 y 2018, aproximadamente el 4% de la deforestación acumulada ocurrió dentro de los límites del SNAP, y hasta el 25.5% en zonas de amortiguamiento. Las tasas más altas de deforestación se han encontrado en la zona de amortiguamiento de 5 km alrededor de las áreas protegidas con el nivel de protección más alto. Las áreas protegidas y sus zonas de amortiguamiento con un estatus de protección más alto fueron identificadas como las áreas más deforestadas entre el SNAP. Las RB tuvieron las tasas de deforestación más altas entre todas las áreas protegidas, pero la mayoría de estas áreas solo se convirtieron en RB después del año 2000. El impulsor más importante de la deforestación es la agricultura. Otros impulsores relevantes difieren entre los biomas. Los resultados sugieren que el SNAP es generalmente efectivo para prevenir la deforestación dentro de sus límites de protección. Sin embargo, la deforestación alrededor de las áreas protegidas puede socavar las estrategias de conservación para mantener la biodiversidad. Se necesitan urgentemente acciones para abordar tales dinámicas y patrones de deforestación y fragmentación forestal, y desarrollar estrategias de conservación en su contexto paisajístico, especialmente en las zonas de amortiguamiento de áreas con el estatus de protección más alto.