La transformación digital está avanzando en diversas industrias, permitiendo productos, procesos y modelos de negocio que cambian la forma en que nos comunicamos, interactuamos y vivimos. Influye radicalmente en la evolución de los sistemas existentes de sistemas (SoS), como los sistemas de movilidad, los sistemas de producción, los sistemas de energía o las ciudades, que han crecido a lo largo del tiempo. En este artículo, discutimos lo que esto significa para el futuro de la ingeniería de software basado en los resultados de un proyecto de investigación llamado DynaSoS. Presentamos los métodos de recolección de datos que aplicamos, incluyendo entrevistas, una revisión de la literatura y talleres. Como una contribución, proponemos un esquema de clasificación para derivar y estructurar los desafíos y direcciones de investigación. El esquema comprende dos dimensiones: alcance y características. El alcance motiva y estructura la tendencia hacia un mundo cada vez más conectado. Las características mejoran y adaptan las características establecidas de SoS para incluir aspectos novedosos y alinearlos mejor con la estructuración de la investigación en diferentes áreas o comunidades de investigación. Como segunda contribución, presentamos desafíos de investigación utilizando el esquema de clasificación. Hemos observado que un esquema contextualiza los desafíos de investigación, lo cual es necesario para interpretarlos. En consecuencia, concluimos que nuestras propuestas contribuyen a una comprensión y visión comunes para la ingeniería de SoS dinámicos.