El crecimiento y el declive biológico de la alfalfa pueden estar relacionados con el microbioma de la rizosfera. Sin embargo, las interacciones planta-microbio en la rizosfera de la alfalfa y las variaciones de la comunidad microbiana asociadas con la edad del cultivo siguen siendo elusivas. Este estudio exploró el patrón sucesional de las comunidades microbianas de la rizosfera en diferentes edades de cultivos de alfalfa y su relación con el declive de la alfalfa. Se recolectaron suelos de rizosfera de cultivos de alfalfa de 2 y 6 años. Los suelos de control se recolectaron de los espacios entre las plantas de alfalfa en los mismos cultivos. Las comunidades bacterianas y fúngicas del suelo se caracterizaron mediante secuenciación de genes 16S y ITS rRNA, respectivamente. Taxones microbianos específicos colonizaron los suelos de rizosfera, pero no los suelos de control. Los taxones específicos de la rizosfera incluyeron principalmente géneros potencialmente beneficiosos (por ejemplo, ) en el cultivo joven y géneros dañinos (por ejemplo, ) en el cultivo viejo. Las raíces de la alfalfa regularon las comunidades microbianas del suelo mediante la promoción o inhibición selectiva de taxones distintos. La mayoría de los taxones enriquecidos en el tiempo se informaron como hongos dañinos, cuya abundancia relativa se correlacionó negativamente con los rasgos de la planta. Los taxones empobrecidos en el tiempo se conocieron principalmente como bacterias beneficiosas, cuya abundancia relativa se correlacionó positivamente con los rasgos de la planta. Las abundancias relativas de los genes bacterianos funcionales asociados con la biosíntesis de vancomicina, la biosíntesis de zeatina y el metabolismo de aminoácidos tendieron a ser más bajas en los suelos de rizosfera del cultivo viejo. Se observó una tendencia ascendente para los patógenos fúngicos y los saprófitos de madera con el aumento de la edad del cultivo. Los resultados sugieren que la actividad radicular impulsa la sucesión negativa de las comunidades microbianas de la rizosfera durante el declive de la alfalfa en cultivos viejos.