Daisychain: búsqueda y visualización interactiva de homólogos en ensamblajes genómicos
Autores: Schliebs, Oliver; Chan, Chon-Kit Kenneth; Bayer, Philipp E.; Petereit, Jakob; Singh, Ajit; Hassani-Pak, Keywan; Batley, Jacqueline; Edwards, David
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2021
Acceso abierto
Artículo científico
2021
Daisychain: búsqueda y visualización interactiva de homólogos en ensamblajes genómicos
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Agronomía y Ciencia de los Cultivos
Palabras clave
Visualización interactiva de gráficos
Bases de datos de homología génica
Ortólogos
Parálogos
Formato FASTA
Archivos de anotación formateados en GFF3
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 27
Citaciones: Sin citaciones
Daisychain es una herramienta interactiva de visualización de grafos y búsqueda para bases de datos de homología génica personalizadas. El objetivo principal de Daisychain es permitir a los investigadores que trabajan con genes específicos identificar homólogos en otras versiones de anotación. La representación centrada en el gen incluye el vecindario genético local para distinguir ortólogos y parálogos por sintenia local. El software admite secuencias genómicas en formato FASTA y archivos de anotación en formato GFF3, y el proceso de construcción de la base de datos de homología requiere una cantidad mínima de interacción del usuario. Daisychain incluye un visor web integrado que se puede utilizar tanto para análisis de datos como para publicación de datos. La interfaz web extiende KnetMaps.js y está basada en JavaScript.
Descripción
Daisychain es una herramienta interactiva de visualización de grafos y búsqueda para bases de datos de homología génica personalizadas. El objetivo principal de Daisychain es permitir a los investigadores que trabajan con genes específicos identificar homólogos en otras versiones de anotación. La representación centrada en el gen incluye el vecindario genético local para distinguir ortólogos y parálogos por sintenia local. El software admite secuencias genómicas en formato FASTA y archivos de anotación en formato GFF3, y el proceso de construcción de la base de datos de homología requiere una cantidad mínima de interacción del usuario. Daisychain incluye un visor web integrado que se puede utilizar tanto para análisis de datos como para publicación de datos. La interfaz web extiende KnetMaps.js y está basada en JavaScript.