Los parásitos intraeritrocíticos se encuentran frecuentemente en peces, incluyendo elasmobranquios. Los ríos amazónicos presentan ciclos hidrológicos anuales bien definidos que resultan en modificaciones drásticas de las condiciones ambientales con profundas implicaciones en el ciclo de vida de toda la biota asociada en estos sistemas fluviales. La raya de agua dulce Potamotrygon wallacei (cururú) es una nueva especie restringida a la cuenca media del Río Negro y está sujeta a fuertes alteraciones en sus hábitats naturales (igapós) como resultado de las constantes variaciones en el nivel del agua del Río Negro. Este trabajo demuestra la presencia del parásito intraeritrocítico Cyrilia sp. en esta especie de raya. Además, se estableció la prevalencia y cuantificación de hemoparásitos en diferentes fases del Río Negro. Se realizaron muestreos de campo en el archipiélago de Mariuá, en el medio del Río Negro, involucrando diferentes etapas del ciclo hidrológico. Los parásitos intraeritrocíticos se cuantificaron mediante recuento directo en frotis sanguíneos, con un recuento total de 2000 eritrocitos en cada uno. La presencia de parásitos intraeritrocíticos genera cambios en la morfología de las células sanguíneas. La mayor cantidad de hemoparásitos se registró durante el período de sequía. Se observó una tendencia decreciente en el número de parásitos en sangre entre los períodos de sequía e inundación. Concluimos que el nivel del río Negro influye en la incidencia de parásitos intraeritrocíticos en la raya cururú, y que la sequía representa el período de mayor susceptibilidad a la infestación.