Las actividades mineras provocan una liberación sustancial de metales pesados. La restauración del ecosistema se considera una de las formas más efectivas de prevenir la movilización de metales pesados en áreas mineras. Estudios previos han sugerido que los microorganismos desempeñan roles cruciales en el transporte de metales pesados en suelos de tierras de cultivo contaminados por metales pesados. Sin embargo, las interacciones entre las fracciones geoquímicas de metales pesados y las comunidades microbianas bajo el cultivo de cultivos en áreas mineras restauradas aún no están claras. En este estudio, recolectamos sistemáticamente suelo de tierras de cultivo (FS) y suelo de pastizales (GS) de un área minera restaurada para revelar los efectos del cultivo de cultivos en la composición de los microbiomas del suelo y sus roles potenciales en la movilización de metales pesados. Los resultados revelaron que las fracciones intercambiables de metales pesados (Cd, Zn y As) en FS (11%, 11% y 1,3% en promedio, respectivamente) eran significativamente mayores que las de GS (30%, 19% y 3,2% en promedio, respectivamente), lo que indica que las actividades agrícolas promovieron la movilización de metales pesados en áreas mineras restauradas. Además, determinamos que los atributos microbianos, incluida la diversidad microbiana, la composición y la estructura de la comunidad, eran significativamente diferentes en FS y GS. Además, nuestros resultados revelaron que tales diferencias fueron impulsadas principalmente por los metales pesados y sus fracciones intercambiables en los suelos. Notablemente, los géneros dominantes enriquecidos en FS estuvieron ampliamente involucrados en la movilización de metales pesados, lo que es consistente con el hecho de que los genes relacionados con el metabolismo de metales pesados estuvieron enriquecidos en FS. En conjunto, nuestros hallazgos sugieren que los microorganismos del suelo juegan un papel importante en la movilización de metales pesados bajo el cultivo de cultivos en áreas mineras restauradas.