La producción tradicional de arroz a menudo depende de la práctica insostenible de utilizar insumos intensivos en sistemas de cultivo monocultivo. Las alternativas de barbecho, cultivo de cobertura y cocultivo de arroz-peces (RFC) ofrecen soluciones prometedoras. Sin embargo, el potencial del cultivo de cobertura en barbecho en RFC sigue siendo poco explorado, y su impacto en los microbios del suelo está mal entendido. En este estudio, se realizaron evaluaciones de las interacciones suelo-planta-microbio en tres sistemas de cultivo de cobertura: cultivo único de veza china ( L.) (CM), cultivo único de colza ( L.) (RP) y una combinación de veza china y colza en cultivo intercalado (CM_RP). Estos sistemas fueron evaluados con y sin adición de nitrógeno (N), abarcando tanto los sistemas RFC como los de monocultivo de arroz (RMC). Los hallazgos indican un notable aumento en el nitrógeno del biomasa microbiana del suelo (MBN) con CM. El carbono de la biomasa microbiana del suelo (MBC), influenciado más por el fertilizante de N que por la especie de cultivo, disminuyó con la adición de N. En el sistema RFC, la red de co-ocurrencia bacteriana del suelo mostró más conexiones, sin embargo, los enlaces negativos aumentaron. CM_RP mostró similitudes con CM sin N pero se acercó más a RP con la adición de N. La adición de N en el cultivo intercalado aumentó significativamente la relación raíz-tallo (R/S) de , asociada con una disminución de la biomasa aérea y la longitud total de raíces. En comparación con RMC, RFC con adición de N redujo la abundancia relativa de en CM mientras aumentaba y en todos los sistemas de cultivo de cobertura. En general, con la adición de N, tanto RFC como RMC mostraron una disminución en los índices de diversidad bacteriana del suelo. Los cambios en la diversidad bacteriana del suelo se correlacionaron significativamente con MBC del suelo, MBN y la relación R/S de la planta. El cultivo continuo de cobertura alteró la biomasa microbiana del suelo y afectó la distribución de biomasa del cultivo de cobertura, impactando la composición bacteriana en el suelo de arrozal. Estos resultados arrojan luz sobre cómo responden las comunidades bacterianas a la adición de N y al cultivo de cobertura en los sistemas RFC y RMC, ofreciendo ideas para la gestión sostenible de nutrientes en los sistemas de arrozal.