El objetivo de este estudio fue evaluar los efectos de los cultivos de cobertura invernales (CCs) en el rendimiento agronómico de la soja y sus implicaciones para diferentes grupos fisiológicos de microorganismos de la rizosfera en dos sistemas de producción sostenible. Las técnicas de producción de centeno, guisantes y avena son bien conocidas, pero su idoneidad como CCs para la producción de soja (orgánica y de bajo insumo) necesita ser examinada. Después de dos años de ensayos, los rendimientos de soja entre los dos CCs invernales probados (guisantes y avena (P + O) y centeno (R)) fueron estadísticamente significativos solo para P + O. El rendimiento de soja en sucesión a P + O como CCs invernales fue de 3.0 t ha, mientras que en sucesión a R fue de 2.7 t ha, y en la parcela de control fue de 2.6 t ha. El contenido promedio de proteína en grano de soja estuvo en el rango del 40 al 41% de materia seca (MS), mientras que el contenido de aceite osciló entre el 20 y el 22% de MS. El contenido de proteína y aceite depende principalmente de la variedad de soja seleccionada y se confirma a través de este estudio que, en el sistema estudiado, se puede obtener una calidad nutricional adecuada del grano. Los resultados indican un aumento en la abundancia de bacterias totales, amonificadores y bacterias fijadoras de N libres en la rizosfera, dependiendo de los CCs seleccionados, y diferencias entre los sistemas de producción probados. Según este estudio, los cultivos de cobertura invernales (CCs), incluidos los guisantes y la avena (P + O) y el centeno (R), pueden ser incluidos en la rotación de cultivos para la soja. Los CCs pueden ser la respuesta para el empoderamiento de la agro-biodiversidad en sistemas de cultivo de soja menos diversos, junto con otros beneficios que los CCs pueden proporcionar a nivel de rotación de cultivos. Además, en casi todos los aspectos del estudio, la producción orgánica estuvo por delante de la de bajo insumo. El bajo insumo es un sistema de producción adecuado si no hay oportunidades para la certificación orgánica y para los productores que son conscientes de las ventajas de los sistemas sostenibles, y también puede representar un camino de transición hacia la agricultura regenerativa o la producción orgánica.