El cambio en el uso del suelo es un importante predictor de las variaciones en las bacterias del suelo, las cuales desempeñan un papel clave en el mantenimiento de la multifuncionalidad del suelo y la función de los ecosistemas terrestres. Los efectos del cambio en el uso del suelo en la comunidad bacteriana del suelo en una región alpina en el Plateau Qinghai-Tibet (QTP) aún no estaban claros. En este estudio, investigamos los perfiles bacterianos del suelo en pastizales pastoreados, pastizales cercados, tierras de cultivo continuo, tierras de cultivo rotativas y tierras de cultivo abandonadas en la ecotona agro-pastoral alpina de Tianzhu. Nuestros resultados mostraron que, y fueron los tres filos más abundantes independientemente del cambio en el uso del suelo, representando más del 60% del total. El cultivo disminuyó la diversidad alfa de las bacterias del suelo sin recuperarse incluso después del abandono. Más del 73% de las variaciones en la diversidad bacteriana pueden explicarse por las propiedades físicas y químicas del suelo. Además, la humedad del suelo podría ser el principal factor para la diferencia en la estructura bacteriana entre los terrenos de cultivo y otros. La densidad a granel del suelo, el pH, el contenido de carbono orgánico y nitrógeno total parecen ser los factores clave que determinan la diferencia en la estructura bacteriana entre los terrenos de cultivo abandonados y otros. Nuestros resultados tienen implicaciones para comprender de manera integral las respuestas de la comunidad bacteriana del suelo al cambio en el uso del suelo en regiones alpinas.