Las pequeñas cuencas hidrográficas son unidades fundamentales para los procesos naturales y la gestión social en el suroeste de China. Evaluar con precisión los sumideros de carbono en pequeñas cuencas es crucial para formular políticas de gestión de sumideros de carbono. Sin embargo, ha habido una falta de evaluación de la dinámica de los flujos de carbono en los principales ecosistemas de pequeñas cuencas. Aquí, seleccionamos la cuenca del río Reshuihe, que es una cuenca pequeña típica en el suroeste de China, para medir los flujos de carbono utilizando sistemas de covarianza de eddy durante dos años (de octubre de 2021 a septiembre de 2023) en tres ecosistemas principales, a saber, bosque, tierras de cultivo y bosque no maderable. Comparamos las variaciones y los factores de control del intercambio neto de ecosistemas (INE), la productividad primaria bruta (PPB) y la respiración del ecosistema (Re) entre diferentes ecosistemas, y estimamos el flujo de carbono anual de la cuenca basado en las áreas de cobertura terrestre de los tres ecosistemas. Este estudio encontró que los tres ecosistemas eran sumideros de carbono netos anuales durante el período de estudio. El bosque fue el más fuerte (-592.8 y -488.1 gC m-2 a-1), seguido por el bosque no maderable (-371.0 gC m-2 a-1), y la tierra de cultivo fue la más pequeña (-92.5 y -71.6 gC m-2 a-1), después de tener en cuenta el período de barbecho. Las malas hierbas fueron una fuente significativa de flujo de carbono en los ecosistemas de bosque no maderable. También se encontró que las variaciones en el INE diario estaban controladas por la radiación fotosintéticamente activa y el contenido volumétrico de agua en el suelo, observándose también efectos débiles relacionados con la temperatura. Sin embargo, cuando la temperatura superó los 21 grados Celsius, la PPB y la Re se redujeron significativamente en las tierras de cultivo. Finalmente, se descubrió que el sumidero total de carbono de los tres ecosistemas en la cuenca durante un año fue de -52.15 Gg C. En general, encontramos que las pequeñas cuencas dominadas por ecosistemas forestales en el suroeste de China tienen una fuerte capacidad de sumidero de carbono.