Cuatro ensayos de qPCR diseñados y validados en silico para detectar y discriminar y, individualmente o como un complejo
Autores: Tremblay, Émilie D.; Carey, Julie; Bilodeau, Guillaume J.; Hambleton, Sarah
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2021
Acceso abierto
Artículo científico
2021
Cuatro ensayos de qPCR diseñados y validados en silico para detectar y discriminar y, individualmente o como un complejo
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Hongos
Trigo
Tizón de Karnal
PCR
QPCR
Genómica
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 21
Citaciones: Sin citaciones
Varios hongos clasificados en el género son bien conocidos por infectar especies de pasto, incluyendo el trigo. es un patógeno del trigo muy indeseado que causa el hongo de Karnal, sujeto a regulaciones de cuarentena en muchos países. Históricamente, las infecciones sospechosas de hongo de Karnal se identificaban por morfología, un proceso laborioso para descartar otras especies de esporas tuberculosas que pueden encontrarse como contaminantes en los envíos de granos, y el patógeno estrechamente relacionado en el pasto de centeno. Los avances en biología molecular han traído numerosas herramientas de detección para discriminar congéneres (PCR, qPCR, etc.). Si bien esas pruebas pueden ayudar a identificar más rápidamente, comparten debilidades al dirigirse a marcadores insuficientemente variables o carecer de sensibilidad en un contexto de tolerancia cero. Un enfoque reciente utilizó genómica comparativa para identificar regiones únicas dentro de las especies objetivo, y se diseñaron ensayos de qPCR in silico. Este estudio validó cuatro pruebas de qPCR basadas en regiones genómicas de copia única y con límites de detección altamente sensibles (~200 fg), dos para detectar y por separado, y dos recién diseñadas, dirigidas a ambas especies como un complejo. Los ensayos fueron desafiados con ADN de referencia de los objetivos, sus parientes cercanos, otros patógenos de cultivos, el hospedador de trigo y muestras ambientales, asegurando un alto nivel de especificidad para una discriminación precisa.
Descripción
Varios hongos clasificados en el género son bien conocidos por infectar especies de pasto, incluyendo el trigo. es un patógeno del trigo muy indeseado que causa el hongo de Karnal, sujeto a regulaciones de cuarentena en muchos países. Históricamente, las infecciones sospechosas de hongo de Karnal se identificaban por morfología, un proceso laborioso para descartar otras especies de esporas tuberculosas que pueden encontrarse como contaminantes en los envíos de granos, y el patógeno estrechamente relacionado en el pasto de centeno. Los avances en biología molecular han traído numerosas herramientas de detección para discriminar congéneres (PCR, qPCR, etc.). Si bien esas pruebas pueden ayudar a identificar más rápidamente, comparten debilidades al dirigirse a marcadores insuficientemente variables o carecer de sensibilidad en un contexto de tolerancia cero. Un enfoque reciente utilizó genómica comparativa para identificar regiones únicas dentro de las especies objetivo, y se diseñaron ensayos de qPCR in silico. Este estudio validó cuatro pruebas de qPCR basadas en regiones genómicas de copia única y con límites de detección altamente sensibles (~200 fg), dos para detectar y por separado, y dos recién diseñadas, dirigidas a ambas especies como un complejo. Los ensayos fueron desafiados con ADN de referencia de los objetivos, sus parientes cercanos, otros patógenos de cultivos, el hospedador de trigo y muestras ambientales, asegurando un alto nivel de especificidad para una discriminación precisa.