El lago Llanquihue se encuentra entre los lagos Araucanos o Norpatagónicos, ubicados entre los 38 y 41° S. Estos lagos se caracterizan por su estado oligomesotrófico debido a la intervención humana, lo que conlleva un aumento en el aporte de nutrientes provenientes de industrias y poblaciones. Se observan efectos sobre las comunidades zooplanctónicas, con un marcado aumento en la abundancia de dáfnidos. El objetivo del presente estudio es analizar el estado trófico y la abundancia relativa del zooplancton en diferentes bahías del lago Llanquihue. Se encontraron asociaciones directas entre la clorofila a y el porcentaje de dáfnidos, el nitrógeno disuelto total con el fósforo soluble reactivo, el radio molar de nitrógeno/fósforo con el porcentaje de ciclopoides, y una relación inversa entre los porcentajes de dáfnidos y calanoides. Se evidenció la presencia de tres tipos de ensambles de microcrustáceos y condiciones ambientales: el primero con un alto porcentaje de calanoides, un bajo número de especies y una baja concentración de clorofila y nutrientes; el segundo con una concentración moderada de clorofila y nutrientes y un porcentaje moderado de dafnidos; y un tercer sitio con una alta concentración de clorofila y nutrientes, un alto porcentaje de dafnidos y un alto número de especies. El aumento de dafnidos en el estado mesotrófico concuerda con resultados similares observados en los lagos del sur de Argentina y Nueva Zelanda.