Las papas son un alimento básico importante a nivel mundial y son la tercera fuente principal de antioxidantes en la dieta humana. Uno de los compuestos antioxidantes más importantes en las papas son los pigmentos de antocianinas. Algunos informes indican una alta correlación positiva entre la intensidad del color, el contenido de antocianinas y el nivel de antioxidantes en los tubérculos de papa. La variación en la composición y contenido de antocianinas en los tubérculos de papa entre diversas fuentes de germoplasma tiene importantes implicaciones nutricionales y de salud, y constituye un rasgo interesante para los programas de mejora de la papa enfocados en aumentar los contenidos de antocianinas y antioxidantes de los materiales de papa. Identificamos y cuantificamos cinco antocianidinas (delphinidina, cianidina, petunidina, pelargonidina y peonidina) en los tubérculos de la colección de germoplasma colombiano de L. Grupo Phureja. Los datos fenotípicos se fusionaron en un estudio de asociación a nivel genómico para identificar regiones genómicas asociadas con la variación de los compuestos nutricionales en las papas. La asociación se realizó utilizando una matriz de marcadores de 7520 polimorfismos de nucleótido único. Se identificaron siete loci de rasgos cuantitativos. Los cromosomas I y X albergaban los loci de rasgos cuantitativos más estables (QTL). Tres loci de rasgos cuantitativos fueron identificados cerca de genes previamente reportados involucrados en la regulación de las antocianinas en los tubérculos de papa. Las regiones genómicas de estos QTL revelan genes candidatos presuntivos como factores genéticos que son la base para una mejor comprensión de la arquitectura genética de la regulación de los compuestos nutricionales en las papas.