Las modificaciones epigenéticas permiten a las células responder genéticamente a las señales químicas de fuentes ambientales. Estas marcas desempeñan un papel fundamental en procesos biológicos normales (por ejemplo, diferenciación, defensa del huésped y programas metabólicos) pero también contribuyen al desarrollo de una amplia variedad de condiciones patológicas (por ejemplo, cáncer y enfermedad de Alzheimer). Específicamente, la metilación del ADN representa una modificación epigenética muy estable de las bases de citosina que está fuertemente asociada con una reducción en la actividad génica. Aunque las metodologías de Cromatografía Líquida de Alta Eficiencia (HPLC) se han utilizado para separar la citosina metilada de las bases de citosina no modificadas, estas representan solo dos de los cinco principales análogos de citosina en la célula. Además, la incapacidad para separar estos otros análogos de citosina podría afectar una descripción precisa del estado de metilación de la citosina en las células. En este estudio actual, determinamos las condiciones de HPLC necesarias para separar los cinco análogos de citosina de la vía de metilación/desmetilación. Esta metodología no solo proporciona un medio para analizar la metilación de la citosina en su totalidad, sino que también podría usarse para calcular de manera más precisa la proporción de metilación a partir de muestras biológicas.