La seguridad alimentaria mundial está amenazada en el actual escenario del cambio climático global porque los principales cultivos alimentarios no están adaptados a condiciones climáticas y de suelo hostiles. Se han realizado esfuerzos significativos para mantener el rendimiento actual de los cultivos, utilizando técnicas de cría tradicionales e innovadoras técnicas moleculares para asistirlos. Sin embargo, son necesarias estrategias adicionales para lograr la demanda alimentaria futura. La tecnología de repeticiones palindrómicas cortas agrupadas regularmente interespaciadas/ proteína asociada a CRISPR (CRISPR/Cas), así como sus variantes, han surgido como alternativas a la cría de plantas transgénicas. Esta novedad ha ayudado a acelerar las modificaciones necesarias en los cultivos principales para enfrentar el impacto del estrés abiótico en los sistemas agrícolas. Esta revisión resume los avances actuales en las aplicaciones de CRISPR/Cas en cultivos para abordar las principales condiciones de suelo hostiles, como la sequía, las inundaciones y el encharcamiento, la salinidad, los metales pesados y las deficiencias de nutrientes. Además, se muestra el potencial de los extremófitos como un reservorio de nuevos mecanismos moleculares para la tolerancia al estrés abiótico, así como su identificación y edición ortóloga en cultivos. Además, se discutirán los futuros desafíos y perspectivas relacionados con los problemas de la tecnología CRISPR/Cas, las regulaciones legales y la aceptación por parte de los consumidores.