Antecedentes: Si bien se entiende generalmente el mecanismo del desarrollo gonadal asimétrico, el mecanismo del desarrollo oviductal asimétrico sigue siendo desconocido. Métodos: Se recolectaron oviductos derecho e izquierdo de embriones de pollo en tres etapas de desarrollo (día embrionario 7.5, E9.5 y E11.5) para análisis de ARN-seq. Se realizó resecuenciación de genoma completo en gallinas con sistemas reproductivos bilaterales (una ocurrencia natural rara) y controles unilaterales. Estos datos fueron coanalizados con datos públicos de ARN-seq de gonadas embrionarias femeninas en diferentes etapas de desarrollo (E4.5, E5.5 y E6.5) para buscar genes candidatos que afecten la degeneración/desarrollo del oviducto. Resultados: Los análisis de ARN-seq mostraron que un total de 27, 10 y 38 DEGs fueron identificados entre los oviductos izquierdo y derecho en E7.5, E9.5 y E11.5, respectivamente. Los análisis de resecuenciación de genoma completo revelaron 1045 genes diferencialmente mutados (DMGs) entre los grupos bilaterales (D) y unilaterales (S). La validación preliminar destacó , , , , y como genes candidatos que influyen en la asimetría del oviducto. Conclusiones: Este estudio proporciona información sobre la base genética del desarrollo oviductal asimétrico y sienta las bases para la cría de gallinas con sistemas reproductivos bilaterales.