La selección de líneas de yuca para resistencia contra los virus que causan la enfermedad de la mancha marrón de la yuca (CBSD) es complicada debido a las infecciones impredecibles y erráticas de virus en los procesos lentos de infección de plantas que a menudo no están asociados con síntomas distintos en las hojas y debido a la dependencia de la evaluación de la necrosis de raíces como indicador de resistencia/tolerancia de la planta. La selección de candidatos resistentes se extiende así a lo largo de varios ciclos de crecimiento y aún está asociada con incertidumbres sobre la etapa de la infección viral. Para reducir el tiempo de selección de cruces resistentes y las incertidumbres asociadas con la evaluación en campo, hemos desarrollado un flujo de trabajo rápido de detección de virus para evaluar plántulas de yuca de cruces de padres resistentes a la mancha marrón de la yuca y al virus del mosaico de la yuca. Después de pasar por una rutina intensiva y precisa de infección viral, se identificaron plántulas de yuca que presentaban resistencia contra los virus de la mancha marrón y el mosaico de la yuca. Al analizar los resultados de 195 plántulas de 18 familias de cruce juntas, quedó claro que la resistencia contra los virus que causan CBSD es un rasgo dominante. El protocolo desarrollado para la detección de resistencia a virus en la yuca puede ser adoptado fácilmente. Cambia la evaluación de la resistencia del campo al vivero y reemplaza el proceso erróneo y prolongado de infección y detección de virus con un método de precisión y rapidez.