En estudios anteriores, se han examinado genes como importantes candidatos para el tamaño de camada en ovejas utilizando el método GWAS; sin embargo, ni sus efectos sobre el tamaño de camada ni los loci asociados con el tamaño de camada han sido identificados. En este estudio, se seleccionaron por primera vez tres loci candidatos (c.1057-4C > T en, c.1983C > T en y c.1618C > T en) basándose en nuestros datos de resecuenciación previos de 10 razas de ovejas. Después de que los tres loci fueron genotipados utilizando la tecnología Sequenom MassARRAY, realizamos un análisis de genética de poblaciones sobre los tres loci y llevamos a cabo un análisis de asociación entre el polimorfismo de los tres loci y el tamaño de camada de las ovejas. Los resultados del análisis de genética de poblaciones sugirieron que c.1057-4C > T en y c.1983C > T en pueden estar sujetos a selección natural o artificial. Los resultados del análisis de asociación indicaron que el tamaño de camada estaba significativamente asociado con c.1057-4C > T en y c.1983C > T en (< 0.05) en ovejas de la raza Small Tail Han, y no hubo un efecto de interacción significativo entre los dos loci sobre el tamaño de camada. En resumen, c.1057-4C > T en y c.1983 C > T en pueden considerarse marcadores moleculares candidatos para mejorar el tamaño de camada en ovejas.