El cribado de fármacos in silico para el virus de la hepatitis C utilizando QSAR-ML y el acoplamiento molecular con inhibidores de la quinasa de la proteína asociada a Rho 1 (ROCK1)
Autores: De Borja, Joshua R.; Cabrera, Heherson S.
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
El cribado de fármacos in silico para el virus de la hepatitis C utilizando QSAR-ML y el acoplamiento molecular con inhibidores de la quinasa de la proteína asociada a Rho 1 (ROCK1)
Categoría
Ingeniería y Tecnología
Subcategoría
Ingeniería de Sistemas
Palabras clave
Enzima
ROCK1
CLDN1
VHC
Cribado de medicamentos
QSAR-ML
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 24
Citaciones: Sin citaciones
La enzima ROCK1 juega un papel fundamental en la interrupción de la proteína de unión estrecha CLDN1, un efector aguas abajo que influye en diversas funciones celulares como la migración celular, la adhesión y la polaridad. Los niveles elevados de ROCK1 plantean desafíos en el VHC, donde CLDN1 sirve como un factor de entrada crucial para las infecciones virales. Este estudio integra un protocolo de cribado de fármacos, empleando una combinación de técnicas de aprendizaje automático de relación estructura-actividad cuantitativa (QSAR-ML); predicciones de absorción, distribución, metabolismo y excreción (ADME); y acoplamiento molecular. Este enfoque integrado permite el cribado efectivo de compuestos específicos, utilizando sus características y propiedades calculadas como pautas para seleccionar candidatos tipo fármaco que apunten a la inhibición de ROCK1 en el tratamiento del VHC. El modelo QSAR-ML, validado con puntuaciones de 0,54 (R), 0,15 (RMSE) y 0,71 (CCC), demuestra sus capacidades predictivas. Los resultados finales del estudio ADME-Docking destacan compuestos notables de ZINC15, específicamente ZINC000071318464, ZINC000073170040, ZINC000058568630, ZINC000058591055 y ZINC000058574949. Estos compuestos muestran los mejores puntajes de Vina para la unión proteína-ligando con la estructura cristalina de ROCK1 en el sitio del bolsillo C2. Las características generadas y la actividad biológica pIC calculada de estos compuestos proporcionan información valiosa, facilitando la identificación de candidatos estructuralmente similares en la exploración en curso de fármacos para la inhibición de ROCK1.
Descripción
La enzima ROCK1 juega un papel fundamental en la interrupción de la proteína de unión estrecha CLDN1, un efector aguas abajo que influye en diversas funciones celulares como la migración celular, la adhesión y la polaridad. Los niveles elevados de ROCK1 plantean desafíos en el VHC, donde CLDN1 sirve como un factor de entrada crucial para las infecciones virales. Este estudio integra un protocolo de cribado de fármacos, empleando una combinación de técnicas de aprendizaje automático de relación estructura-actividad cuantitativa (QSAR-ML); predicciones de absorción, distribución, metabolismo y excreción (ADME); y acoplamiento molecular. Este enfoque integrado permite el cribado efectivo de compuestos específicos, utilizando sus características y propiedades calculadas como pautas para seleccionar candidatos tipo fármaco que apunten a la inhibición de ROCK1 en el tratamiento del VHC. El modelo QSAR-ML, validado con puntuaciones de 0,54 (R), 0,15 (RMSE) y 0,71 (CCC), demuestra sus capacidades predictivas. Los resultados finales del estudio ADME-Docking destacan compuestos notables de ZINC15, específicamente ZINC000071318464, ZINC000073170040, ZINC000058568630, ZINC000058591055 y ZINC000058574949. Estos compuestos muestran los mejores puntajes de Vina para la unión proteína-ligando con la estructura cristalina de ROCK1 en el sitio del bolsillo C2. Las características generadas y la actividad biológica pIC calculada de estos compuestos proporcionan información valiosa, facilitando la identificación de candidatos estructuralmente similares en la exploración en curso de fármacos para la inhibición de ROCK1.