El mejoramiento del doble cultivo de maíz se ha vuelto cada vez más importante en los últimos años. Con el fin de establecer programas de cría para una producción sostenible de maíz, los objetivos de la investigación fueron (i) comprender las correlaciones entre el rendimiento de grano y rastrojo y la eficiencia de la sacarificación, y (ii) identificar QTL y vías metabólicas para el diseño de programas de cría en un enfoque de doble explotación. Realizamos un estudio de asociación a nivel genómico (GWAS) y un análisis de vías metabólicas utilizando un panel de maíces endogámicos altamente diversos. Como resultados, hemos obtenido que la regulación de las vías energéticas y de desarrollo se han señalado como vías clave relacionadas con la cantidad y utilización del rastrojo, mientras que no se pudieron identificar vías específicas en relación con el rendimiento de grano. Sin embargo, debido a la heredabilidad moderadamente alta de los rendimientos y su correlación positiva, un enfoque de selección fenotípica sería adecuado para la mejora de ambos rendimientos, mientras que para la mejora de la eficiencia de sacarificación, los próximos modelos de selección genómica son más aconsejables. En general, las estrategias de cría que gestionan el uso dual del maíz son viables y contribuirán a un cultivo de maíz más sostenible en un futuro próximo.