Las ovejas azules y los ciervos rojos, animales protegidos de segunda clase en China, son especies simpátricas con un alto grado de superposición de recursos alimenticios en las Montañas Helan, China. Estudios previos con ovejas azules y ciervos rojos en la naturaleza han demostrado que su fisiología está estrechamente relacionada con su microbiota intestinal. Sin embargo, las etapas de crecimiento y los cambios que ocurren en estas especies en cautiverio aún son desconocidos. Así, se utilizó la secuenciación genética para explorar la diversidad, composición y función de la microbiota intestinal en estas dos especies animales. La diversidad y estructura de la microbiota intestinal en ovejas azules y ciervos rojos en cautiverio cambiaron en diferentes etapas de crecimiento, pero los filos de microbiota dominante en la microbiota intestinal se mantuvieron estables, compuestos por los filos Firmicutes, Bacteroidetes y Verrucomicrobia. Además, la diversidad de la microbiota intestinal en ovejas azules y ciervos rojos juveniles fue baja, con potencial para una mayor colonización. Las predicciones funcionales mostraron diferencias, como el enriquecimiento de la transcripción en ciervos rojos adultos, y los adultos de ovejas azules teniendo una mayor biogénesis de pared celular/membrana/envoltura que los juveniles. Los cambios microbianos entre ovejas azules y ciervos rojos en diferentes etapas de crecimiento y entre especies dependen principalmente de la abundancia de la microbiota, en lugar del aumento y ausencia de los taxones bacterianos.