Las fábricas de plantas con iluminación artificial (PFALs), con estructuras bien aisladas y herméticas, permiten la producción de grandes cantidades de plantas de alta calidad durante todo el año, logrando una alta eficiencia en el uso de recursos. Sin embargo, a pesar del ambiente controlado en las PFALs, se han encontrado variaciones en los individuos de las plantas, lo que afecta la productividad en las operaciones de las PFALs. La fenotipificación de plantas juega un papel crucial en entender cómo el microambiente circundante afecta las variaciones en los fenotipos de las plantas. En el estudio actual, se desarrolló un sistema modular de fenotipificación para la producción de plántulas, centrándose en la practicidad y escalabilidad en las PFALs comerciales. Se realizaron experimentos con plántulas, que afectan fuertemente la productividad, para obtener el tiempo de despliegue de los cotiledones y la proyección temporal del área de los cotiledones y las hojas verdaderas de las plántulas individuales de lechuga romana (L. var. longifolia), utilizando imágenes RGB. Esto también se llevó a cabo para analizar cómo el microambiente circundante de las densidades de flujo de fotones fotosintéticos y los nutrientes afectan las variaciones de crecimiento para la investigación de cohortes de plantas. En concordancia con las medidas reales, se identificaron variaciones en el crecimiento de las plántulas incluso bajo microambientes similares. Además, los resultados demostraron variaciones más grandes en las plántulas con un mayor crecimiento relativo. Con el objetivo de simplificar las interacciones de los fenotipos con el microambiente, la gestión y el genotipo, la selección y cría de plántulas con la producción de plantas en las PFALs pueden permitir la uniformidad de las plantas y una mayor productividad.