Desarrollando marcadores microsatélites novedosos para por secuenciación de captura de microsatélites (MiCAPs)
Autores: Shi, Miao; Tanaka, Keisuke; Rivera, Marlon P.; Ngure, Godfrey M.; Watanabe, Kazuo N.
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
Desarrollando marcadores microsatélites novedosos para por secuenciación de captura de microsatélites (MiCAPs)
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Agronomía y Ciencia de los Cultivos
Palabras clave
Planta medicinal
Secuencias SSR
Secuenciación de Captura de Microsatélites
Marcadores SSR
Contenido de Información de Polimorfismo
Diversidad genética
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 22
Citaciones: Sin citaciones
, una planta medicinal ampliamente utilizada en el sudeste asiático, ha sido validada clínicamente por sus diversas aplicaciones farmacéuticas. A pesar de la extensa investigación en farmacología, hay una notable falta de investigación citogenética y genómica, principalmente debido a la limitada información genética. El Repetidor de Secuencia Simple (SSR) se considera una clase robusta de marcadores moleculares frecuentemente utilizados en estudios de biodiversidad. En este estudio, adoptamos la Secuenciación de Captura de Microsatélites (MiCAPs) para obtener secuencias de SSR para el desarrollo de marcadores. Identificamos 13,644 SSRs y desarrollamos y validamos diez conjuntos de marcadores SSR a través de electroforesis capilar. Los diez conjuntos de cebadores generaron 27 alelos, con un Contenido de Información Polimórfica (PIC) promedio de 0.36. El Análisis de Coordenadas Principales (PCoA) distinguió dos tipos de , consistentes con la clasificación por color del margen de la hoja (rojo y verde). Se construyó un dendrograma de unión de vecinos de siete especies de Zingiberaceae con las secuencias que contienen SSR. El valor 2c de es reportado aquí por primera vez como 3.16 +/- 0.03; el tamaño del genoma se estima en 3090.48 Mbp. Los marcadores moleculares recién desarrollados son cruciales para la identificación de variedades y la conservación de recursos silvestres. Además, la información citogenética y filogenética proporciona valiosas ideas sobre la diversidad genética y las relaciones evolutivas.
Descripción
, una planta medicinal ampliamente utilizada en el sudeste asiático, ha sido validada clínicamente por sus diversas aplicaciones farmacéuticas. A pesar de la extensa investigación en farmacología, hay una notable falta de investigación citogenética y genómica, principalmente debido a la limitada información genética. El Repetidor de Secuencia Simple (SSR) se considera una clase robusta de marcadores moleculares frecuentemente utilizados en estudios de biodiversidad. En este estudio, adoptamos la Secuenciación de Captura de Microsatélites (MiCAPs) para obtener secuencias de SSR para el desarrollo de marcadores. Identificamos 13,644 SSRs y desarrollamos y validamos diez conjuntos de marcadores SSR a través de electroforesis capilar. Los diez conjuntos de cebadores generaron 27 alelos, con un Contenido de Información Polimórfica (PIC) promedio de 0.36. El Análisis de Coordenadas Principales (PCoA) distinguió dos tipos de , consistentes con la clasificación por color del margen de la hoja (rojo y verde). Se construyó un dendrograma de unión de vecinos de siete especies de Zingiberaceae con las secuencias que contienen SSR. El valor 2c de es reportado aquí por primera vez como 3.16 +/- 0.03; el tamaño del genoma se estima en 3090.48 Mbp. Los marcadores moleculares recién desarrollados son cruciales para la identificación de variedades y la conservación de recursos silvestres. Además, la información citogenética y filogenética proporciona valiosas ideas sobre la diversidad genética y las relaciones evolutivas.