El té ha recibido atención debido a sus fitoquímicos. Para el uso directo del germoplasma de té en programas de mejoramiento, se necesita una colección central que retenga la diversidad genética y varios fitoquímicos en el té. En este estudio, evaluamos el contenido de ocho fitoquímicos durante dos años y la diversidad genética a través de 33 marcadores SSR (repeticiones de secuencias simples) para 462 accesiones de té (colección completa, ENC) y desarrollamos una colección central orientada a un objetivo (TOCC). Se observó una variación fitoquímica significativa en el ENC entre genotipos y años. La diversidad genética del ENC mostró altos niveles de variabilidad molecular. Estos resultados se incorporaron en el desarrollo de TOCCs. El TOCC mostró una representación del ENC, donde el porcentaje de diferencia promedio, el porcentaje de diferencia de varianza, la tasa de coeficiente de variación variable y el porcentaje de coincidencia de rango fueron 7.88, 39.33, 120.79 y 97.43, respectivamente. El índice de diversidad de Shannon (I) y la diversidad génica de Nei (H) de TOCC fueron mayores que las del ENC. Además, se demostró que las accesiones en TOCC fueron seleccionadas de manera proporcional, reflejando con precisión la distribución de las accesiones generales para cada fitoquímico. Este es el primer informe que describe el desarrollo de un TOCC que retiene la diversidad de fitoquímicos en el germoplasma de té. Este TOCC facilitará la identificación de los determinantes genéticos de la variabilidad de rasgos y la utilización efectiva de la diversidad fitoquímica en programas de mejora de cultivos.