El aguacate representa uno de los productos alimenticios más demandados a nivel mundial, con un importante impacto en varias economías basadas en la agronomía. El aguacate es uno de los cultivos más sensibles a la sal y valiosos. Por lo tanto, es necesario utilizar variedades tolerantes a la sal, como el aguacate de las Indias Occidentales, para el cultivo en ubicaciones con problemas de salinidad en el suelo, como las Islas Canarias. Por lo tanto, la caracterización de los cultivares de aguacate es demandada, así como el desarrollo de herramientas moleculares capaces de identificar fácilmente los principales cultivares de aguacate y razas hortícolas. En el presente trabajo, las técnicas de Sitio de Unión de Cebador Interno (iPBS) y Polimorfismo Amplificado entre Retrotransposones (IRAP), que se basan en retrotransposones con Repeticiones Terminales Largas (LTR), se han implementado por primera vez en , permitiendo la caracterización de la variación genética entre los cultivares de las tres principales razas hortícolas y la identificación de posibles secuencias LTR. El enfoque de iPBS mostró claras ventajas en su implementación técnica, y permitió una mejor delimitación de las razas hortícolas, especialmente cuando se enfocaba en los cultivares de las Indias Occidentales. Sin embargo, ambas técnicas generaron huellas genéticas reproducibles que no solo permitieron la caracterización genética de cada cultivar analizado, sino que también revelaron posibles marcadores moleculares para la identificación de cultivares de aguacate y razas hortícolas.