El uso de especies silvestres en el mejoramiento del maní proporciona oportunidades notables para introducir nuevos rasgos al cultivo de maní y ha aumentado en los últimos años. Aquí, informamos sobre la variación morfológica y agronómica, incluida la resistencia a enfermedades, observada en 87 Líneas Recombinantes Endogámicas (RILs) que se derivaron de los ancestros silvestres del maní y la variedad Runner IAC-886. Estas líneas exhibieron una amplia gama de variación para estos rasgos, con segregación transgresiva y fenotipos novedosos observados en muchas líneas. Se detectaron Locis de Rasgos Cuantitativos (QTLs) para rasgos agronómicos y de resistencia. Se genotiparon seis RILs con fenotipos contrastantes para rasgos agronómicos y resistencia moderada a manchas en las hojas. Todas las líneas tenían, en promedio, un 50% de alelos silvestres, con al menos un gran segmento silvestre y múltiples alelos intercalados en todos los cromosomas. Se observó un intercambio genético entre subgenomas. En cuatro líneas, la parte superior de Chr 05/15, que es tetrasómica AAAA en, ha sido restaurada a su estado AABB mediante la introgresión de alelos. Identificamos líneas con buenos rasgos agronómicos que albergan una composición y estructura genómica completamente diferente entre sí y del maní cultivado. La variación observada para el tipo de fruto también es importante para una mejor comprensión del proceso de domesticación en el maní. Este aumento en la diversidad genética tiene grandes beneficios potenciales para los programas de mejoramiento del maní.