Los rearrangements cromosómicos durante la evolución de las plantas pueden llevar a alteraciones en la estructura del genoma y la función de los genes, influyendo así en la adaptación de las especies y los procesos evolutivos. Las gimnospermas, como un grupo antiguo de plantas, ofrecen valiosas perspectivas sobre las características morfológicas, fisiológicas y ecológicas de la flora terrestre temprana. La reconstrucción de los cariotipos ancestrales en gimnospermas puede proporcionar pistas críticas para entender su historia evolutiva. En este estudio, inferimos el cariotipo ancestral de gimnospermas (CAG), que comprende 12 cromosomas, y realizamos un análisis de colinealidad con los genomas de gimnospermas existentes. Nuestros hallazgos indican que los números de cromosomas se han mantenido notablemente estables a lo largo de la evolución de las gimnospermas. Para las especies con números de cromosomas multiplicados, como los gnetófitos, se observaron colinealidades débiles con el CAG. Las comparaciones entre el CAG y los genomas de gnetófitos revelaron un patrón sesgado respecto a los bloques de duplicación retenidos. Además, nuestro análisis de elementos transponibles identificó regiones enriquecidas que contienen retrotransposones LINE-1 dentro de los bloques sintrénicos. El análisis sintrénico entre el CAG y las angiospermas también demostró una distribución sesgada a través de los cromosomas. Estos resultados proporcionan un recurso fundamental para la caracterización adicional de la evolución cromosómica en gimnospermas.