El espectro y la incidencia de fusiones génicas en el carcinoma papilar de tiroides (CPT) pueden diferir significativamente dependiendo de la edad de inicio, el subtipo histológico o la historia de exposición a radiación. En el CPT pediátrico esporádico, las fusiones son alteraciones genéticas comunes. El papel de estas fusiones como marcador pronóstico en el CPT pediátrico aún está bajo investigación. Recientemente mostramos que la fusión es prevalente en pacientes jóvenes (promedio de 10 años) y está asociada con características patológicas específicas y agresivas, como la multifocalidad y las metástasis pulmonares. En este estudio piloto, informamos sobre un paciente único que presenta tres focos diferentes: el primero fue positivo para la fusión, el segundo fue positivo solo para la fusión y el tercero fue negativo para ambas reorganizaciones. Para investigar si estas fusiones están asociadas con inestabilidad genómica y modificaciones de la cromatina, realizamos hibridación in situ por fluorescencia cuantitativa (Q-FISH) de repeticiones de telómeros seguida de análisis de imágenes en 3D y microscopía de iluminación estructurada de superresolución en 3D (3D-SIM) para analizar la estructura del ADN de los focos. Demostramos en este estudio preliminar que es probable que esté asociado con niveles más altos de inestabilidad genómica relacionada con telómeros y remodelación de la cromatina en comparación con los focos negativos. Nuestros resultados sugieren una interrupción progresiva en la estructura de la cromatina en células positivas para la fusión, lo que podría explicar un resultado de enfermedad más agresivo en pacientes que portan esta reorganización.