Los estudios de mapeo genético proporcionan estimaciones mejoradas para nuevos loci genómicos, efectos alélicos y acción génica que controlan rasgos importantes. Tales estudios de mapeo se realizan regularmente utilizando una combinación de datos genotípicos (por ejemplo, marcadores de genotipado que etiquetan variación genética dentro de las poblaciones) y datos fenotípicos de poblaciones de mapeo estructuradas apropiadamente. A pesar de la presencia de datos genotípicos constantes y rápidamente crecientes, los pasos necesarios para determinar si marcadores específicos pueden estar asociados con la variación genética a menudo son inicialmente descuidados, lo que significa que los marcadores genotípicos en constante crecimiento no maximizan necesariamente el poder de los estudios de mapeo y a menudo generan resultados falsos. Para abordar este problema, presentamos un marco para analizar datos genotípicos mientras se desarrolla un mapa de ligamiento genético. Nuestro objetivo es crear conciencia sobre un procedimiento paso a paso en el desarrollo de mapas genéticos, así como esbozar la contribución actual y potencial de este procedimiento para minimizar el sesgo causado por errores en los conjuntos de datos genotípicos. Los resultados empíricos obtenidos del paquete R/qtl para el lenguaje/ software estadístico R están preparados con detalles sobre cómo manejamos los datos genotípicos para desarrollar el mapa genético de una especie vegetal importante. Este estudio proporciona un procedimiento paso a paso para corregir errores generalizados en datos genotípicos mientras se desarrollan mapas genéticos. Para su uso en estudios de seguimiento personalizados, proporcionamos archivos de entrada y códigos R escritos.