Numerosos estudios han demostrado que múltiples factores intrínsecos y extrínsecos moldean la estructura y composición de la microbiota intestinal en un huésped. El desorden de la microbiota intestinal puede desencadenar diversas enfermedades en el huésped. Aquí, recolectamos muestras fecales de gecos japoneses capturados en la naturaleza y de conspecíficos en cautiverio alimentados con gusanos de la harina (gecos alimentados con gusanos de la harina) y moscas de la fruta (gecos alimentados con moscas). Nuestro objetivo fue examinar los correlatos dietéticos y sexuales de la microbiota intestinal. Utilizamos la tecnología de secuenciación del gen 16S rRNA para determinar la composición de la microbiota intestinal. Los filos dominantes con una abundancia relativa media superior al 10% fueron Verrucomicrobiota, Bacteroidota y Firmicutes. La riqueza y diversidad de la comunidad microbiana intestinal fueron mayores en los gecos alimentados con gusanos de la harina que en los gecos salvajes. Ni la uniformidad de la comunidad ni la diversidad beta de la microbiota intestinal diferían entre los gecos salvajes, los alimentados con gusanos de la harina y los alimentados con moscas. La diversidad beta, en lugar de la diversidad alfa de la microbiota intestinal, dependía del sexo. Basándonos en la abundancia relativa de las bacterias intestinales y sus funciones génicas, concluimos que la microbiota intestinal contribuyó de manera más significativa a las funciones metabólicas e inmunitarias del huésped. Una mayor diversidad de la microbiota intestinal en los gecos alimentados con gusanos de la harina podría resultar de un mayor contenido de quitina en los insectos del orden Coleoptera. Este estudio no solo proporciona información básica sobre la microbiota intestinal, sino que también muestra que la microbiota intestinal se correlaciona con los hábitos dietéticos y el sexo en la especie.