El contenido de grasa intramuscular (IMF) es importante para la producción de carne y la salud humana, donde la genética del hospedador y su microbioma contribuyen en gran medida a su variación. El objetivo de este estudio es describir las consecuencias de la modificación genética del IMF al seleccionar la composición taxonómica del microbioma, utilizando conejos de la décima generación de un experimento de selección divergente para IMF (las líneas alta (H) y baja (L) difieren en 3.8 desviaciones estándar). La selección alteró la composición de la microbiota intestinal. Las respuestas correlacionadas se distinguieron mejor a nivel de género (51 géneros) que a nivel de filo (10 filos). La línea H se enriqueció en , , , , , , , y , mientras que la línea L se enriqueció en , , , , , , , y , entre otros géneros con diferencias menores entre líneas. Un biomarcador microbiano generado a partir de la abundancia de cuatro de estos géneros clasificó las líneas con un 78% de precisión en una regresión logit. Nuestros resultados demuestran diferentes composiciones del microbioma intestinal en hospedadores con genotipos de IMF divergentes. Además, proporcionamos un biomarcador microbiano que puede utilizarse como indicador de hospedadores genéticamente predispuestos a acumular lípidos musculares, lo que abre la oportunidad para investigar el desarrollo de probióticos o estrategias de cría basadas en el microbioma dirigidas al IMF.