Las macrófitas sumergidas y el perifiton son los principales productores primarios que interactúan fuertemente entre sí en lagos poco profundos de agua clara. En este estudio, se analizaron los efectos de la variación genética de las especies de macrófitas sobre la biomasa de perifiton en cinco especies sumergidas. Se llevó a cabo un estudio de mesocosmos de dos años con cuatro niveles de diversidad genética (1, 4, 8 y 16 genotipos) para cada macrófita sumergida, incluyendo 1600 individuos y 320 cajas en 20 mesocosmos. De las cinco especies sumergidas, solo una mostró una correlación positiva entre sus niveles de riqueza de genotipos y la biomasa de perifiton. Se probó la correlación entre la distancia genética de los genotipos y la biomasa de perifiton, que varió con la diferencia de estaciones y especies. En resumen, encontramos que en mesocosmos de agua dulce, la diversidad genética de las macrófitas sumergidas puede desempeñar un papel en la regulación de la biomasa de perifiton, pero la interacción entre la diversidad genética de las macrófitas y la biomasa de perifiton no fue sencilla. Este estudio proporcionará nuevas perspectivas sobre la dinámica de interacción entre los dos productores primarios en lagos poco profundos.