El objetivo principal de este trabajo fue investigar la relación entre la morfología de la fruta y la composición bioquímica de los pimientos ( spp.). Con ese propósito, se analizaron cien variedades nativas de la región andina, donde el género tiene su origen, en busca de diferentes compuestos fitoquímicos. Además, se evaluaron los frutos de pimiento con la herramienta fenómica altamente precisa Tomato Analyzer. La colección mostró una amplia variabilidad que fue más evidente dentro del grupo. En promedio, los accesos mostraron los niveles más altos de contenido sólido soluble, pH, polifenoles y actividad antioxidante. Los descriptores de Tomato Analyzer en las categorías de tamaño, índice de forma y sección latitudinal, contribuyeron en su mayoría a la varianza entre grupos. sostienen los frutos más grandes, mientras que comprendían frutos de tamaños más pequeños. El análisis de correlación reveló que los rasgos bioquímicos estaban correlacionados negativamente con los parámetros de la fruta relacionados con el tamaño, sugiriendo que los frutos más grandes contienen cantidades más bajas de metabolitos químicos. Las aproximaciones multivariadas demostraron que los pimientos andinos se clasificaron según características morfométricas y colorimétricas, pero independientemente de su especie u origen geográfico. Se identificaron grupos de valiosas variedades nativas que portan rasgos prometedores.