La comprensión premortem del papel del coronavirus felino (FeCoV) en los pulmones de los gatos es limitada, ya que los virus rara vez se inspeccionan en las muestras de lavado broncoalveolar (BAL) de pacientes de pequeños animales. Este estudio analizó retrospectivamente la prevalencia de FeCoV en muestras de BAL de gatos con enfermedades atípicas de las vías respiratorias inferiores y pulmonares, así como las características clínicas, hallazgos diagnósticos e información de seguimiento. De 1162 muestras clínicas enviadas para RT-nPCR de FeCoV, 25 eran líquido de BAL. Después de excluir 1 caso con aspiración crónica, se encontró FeCoV en 3/24 (13%) muestras de BAL, con 2 que tenían tinción por inmunofluorescencia confirmando la presencia de FeCoV dentro del citoplasma de los macrófagos alveolares. Los gatos con FeCoV en el líquido de BAL presentaron con mayor frecuencia lesiones nodulares pulmonares (66% frente a 19%, p = 0.14) y células multinucleadas en citología (100% frente a 48%, p = 0.22) en comparación con los gatos sin FeCoV, pero estas diferencias no alcanzaron significancia estadística debido al pequeño tamaño de la muestra. Tres gatos mostraron una respuesta positiva inicial al tratamiento con corticosteroides basado en los signos clínicos y hallazgos radiológicos, pero el pronóstico a largo plazo varió. Se planteó la sospecha clínica de neumonía o neumonitis asociada a FeCoV, ya que no se encontraron otros patógenos tras investigaciones exhaustivas. Se justifican más estudios para investigar la interacción entre FeCoV y las respuestas pulmonares en los gatos.