Los síntomas de la raíz oxidada de ginseng (GRSs) comprometen el rendimiento y la calidad. Mientras que los análisis transcriptómicos han demostrado una extensa remodelación de las redes de señalización del estrés, la circuitería de defensa post-transcripcional sigue siendo oscura. Perfilamos el empalme alternativo (AS) en tres tejidos del floema: el floema sano (AG), el floema no enrojecido que rodea las lesiones (BG) y el núcleo de la lesión enrojecida (CG), para delinear la reprogramación del AS durante la progresión de GRS. La frecuencia de AS se elevó drásticamente en CG, con predominancia de la retención de intrones. Las extensas ganancias y pérdidas de eventos de empalme indican un reconfiguración a gran escala de la red de empalme. Los genes empalmados diferencialmente alternativos (DAGs) identificados en los contrastes CG vs AG y CG vs BG estaban significativamente enriquecidos en vías de ensamblaje de ARN-es spliceosoma y respuesta al estrés, revelando una respuesta post-transcripcional conservada asociada con la formación de lesiones. El análisis integrador de genes expresados diferencialmente descubrió 671 loci bajo regulación dual; la clasificación funcional categorizó estos genes en señalización de quinasas similares a receptores y módulos de remodelación de cromatina, subrayando la sinergia entre AS y control transcripcional. Además, el subgenoma B contribuyó desproporcionadamente con transcritos responsivos al estrés en tejido enfermo, sugiriendo una estrategia adaptativa sesgada hacia el subgenoma. Estos hallazgos demuestran que la remodelación dinámica del AS y el sesgo de expresión del subgenoma orquestan conjuntamente la defensa del ginseng contra GRS y proporcionan un marco para la cría de cultivos resilientes a enfermedades.