Los ARN no codificantes desempeñan roles vitales en los diversos procesos biológicos de las plantas y se están convirtiendo en temas clave en la investigación de la horticultura. En particular, los miARN y los ARN largos no codificantes (lncARN) están recibiendo una atención creciente en los cultivos de frutas. Estudios recientes en la investigación de la horticultura proporcionan tanto evidencia genética como molecular de que los miARN y los lncARN regulan la función biológica y las respuestas al estrés durante el desarrollo de los frutos. Aquí, resumimos múltiples módulos regulatorios de miARN y lncARN y sus roles biológicos en la formación de frutos y las respuestas al estrés, lo que guiaría el desarrollo de técnicas de mejoramiento molecular en cultivos hortícolas.