La degradación global de los humedales está aumentando su susceptibilidad a invasiones, lo cual está determinado en gran medida por la superposición de nicho entre especies nativas e invasoras. Analizamos su papel en la regulación de la coexistencia de la tortuga mediterránea de cuello rayado Mauremys leprosa y la tortuga de orejas rojas Trachemys scripta elegans en un humedal costero. Analizamos tanto la química del agua como los atributos del paisaje, utilizando un análisis de partición de varianza para aislar la varianza explicada por cada conjunto de variables. Luego, se evaluó la influencia de las variables ambientales en los patrones de coocurrencia de especies utilizando modelos de variables latentes (LVM), que tienen en cuenta la correlación entre especies que puede ser atribuible a interacciones bióticas o covariables ambientales faltantes. Las especies mostraron una superposición de nicho muy baja, con claras diferencias en su respuesta a los filtros ambientales y del paisaje. La distribución de T. s. elegans fue en gran medida explicada por variables del paisaje, prefiriendo paisajes uniformes dentro del área de movimiento diario, mientras que a escalas más grandes, se asoció con una alta diversidad de hábitats de tamaños relativos pequeños y uniformes. Un alto porcentaje de la distribución de M. leprosa no fue explicado por las variables medidas y puede estar relacionado con los procesos de exclusión competitiva con T. s. elegans. La especie se relacionó positivamente con parches grandes con altos valores de perímetro o área de ecotono a escalas espaciales medias, y se benefició de una marcada heterogeneidad en el tamaño de los parches a mayor escala. Según los modelos de variables latentes, ambas especies tenían amplios rangos de tolerancia a la eutrofización y salinidad, pero mostraron diferentes preferencias ambientales. T. s. elegans se relacionó con ambientes de agua dulce eutróficos, mientras que M. leprosa se relacionó con aguas más salinas y menos eutróficas. Nuestros resultados sugieren que M. leprosa modifica su uso del hábitat para evitar la interacción con T. s. elegans. Por lo tanto, podrían ser necesarias acciones de manejo dirigidas a eliminar la especie invasora del territorio y promover la heterogeneidad del hábitat para proteger a M. leprosa y evitar extinciones locales.