Las poblaciones de microbiota intestinal están constantemente moldeadas por factores intrínsecos y extrínsecos, incluyendo la dieta, el medio ambiente y la genética del hospedador. Como resultado, entender cómo evaluar, monitorear y aprovechar la interacción entre el microbioma y el hospedador sigue siendo un área activa de investigación, especialmente en acuicultura. En este estudio, analizamos la estructura taxonómica y el potencial funcional de la microbiota intestinal de la lubina europea y la trucha arcoíris, incorporando la dorada como referencia final. Los resultados mostraron que la microbiota central identificada (40 taxones para la lubina y 20 para la trucha) desempeñó un papel central en la organización de la comunidad, a pesar de la variabilidad taxonómica, y exhibió un número predominante de conexiones positivas (>60% para ambas especies) con el resto de la comunidad microbiana en una red bayesiana. Desde una perspectiva funcional, los clústeres bacterianos asociados al núcleo (75% para la lubina y 81% para la dorada) representaron la mayoría de las vías metabólicas predichas (contribución del núcleo: >75% en lubina y >87% en trucha), particularmente aquellas involucradas en el metabolismo de carbohidratos, aminoácidos y vitaminas. El análisis comparativo entre fenotipos ecológicos destacó biomarcadores microbianos distintos, con géneros como , , y enriquecidos en especies de agua salada ( y ) y y en agua dulce (). En general, este estudio subraya el valor de integrar enfoques taxonómicos, funcionales y basados en redes como herramientas prácticas para monitorear el estado de salud intestinal, evaluar el bienestar y guiar el desarrollo de estrategias de producción más sostenibles en acuicultura.