Los cuerpos de agua artificiales en Asia Central ofrecen entornos únicos para estudiar la diversidad de plancton influenciada por barreras topográficas. Sin embargo, la complejidad de estos ecosistemas y la limitada cantidad de estudios exhaustivos en la región desafían nuestra comprensión. En este estudio, investigamos sistemáticamente los parámetros del ambiente acuático y la estructura de la comunidad de fitoplancton mediante un muestreo de 14 aguas artificiales en el lado sur de las Montañas Altai y los lados norte y sur de las Montañas Tianshan en la región de Xinjiang. La encuesta abarcó indicadores físicos y de nutrientes, y los resultados mostraron diferencias espaciales notables entre las aguas de diferentes regiones. La temperatura, el oxígeno disuelto, el nitrógeno total y el fósforo total del agua artificial en las Montañas Altai del sur varían considerablemente. En contraste, las aguas en las Montañas Tianshan del norte tienen indicadores físicos más consistentes. Los resultados de la identificación del fitoplancton mostraron que las comunidades de fitoplancton en diferentes regiones son algo diferentes, siendo las especies de diatomeas el taxón dominante. El análisis de clúster y los resultados del escalado multidimensional no métrico (NMDS) también confirmaron la variabilidad de las comunidades de fitoplancton en las áreas. Los resultados del análisis de partición de varianza (VPA) mostraron que los factores climáticos y ambientales pueden explicar parte de la variabilidad de los datos observados. Sin embargo, los valores residuales indicaron la presencia de otros factores no medidos o la influencia de la aleatoriedad. Este estudio proporciona una base científica para la gestión de recursos hídricos regionales y la protección del medio ambiente.