El diseño del controlador de vehículos de vuelo hipersónico es una tarea desafiante, especialmente cuando sus estados flexibles son inmedibles. Desafortunadamente, los estados flexibles son difíciles de medir directamente. En este artículo, se propone un método basado en acelerómetros angulares para la estimación de estados flexibles. Al agregar un acelerómetro angular de ángulo de cabeceo y diseñar un método de estimación en línea basado en un Filtro de Kalman Extendido, se podrían obtener los estados flexibles en tiempo real. Luego, basándose en los estados flexibles estimados, se utilizó un método de diseño de controlador basado en inversión estable, y se diseñó un controlador de seguimiento robusto para vehículos de vuelo hipersónico. El método propuesto proporciona un medio efectivo para estimar estados flexibles y llevar a cabo el diseño de controladores basado en observadores de vehículos de vuelo hipersónico. Finalmente, se presenta una simulación numérica para mostrar la efectividad del método de control propuesto.