En este trabajo, se diseña un controlador robusto basado en un estimador no lineal para el control de posición y guiñada de un cuadricóptero con estimación de incertidumbre. Este controlador asegura el seguimiento de referencias deseadas en presencia de variaciones de parámetros y perturbaciones externas, utilizando estimadores de modo deslizante de alto orden (HOSM) para estimar estas perturbaciones que pueden ser canceladas por el control, mejorando así el comportamiento dinámico del sistema controlado. Su rendimiento se evalúa utilizando un cuadricóptero Simcenter Amesim basado en modelos físicos generados a partir de datos experimentales en un marco de co-simulación con Matlab-Simulink utilizado para implementar el controlador diseñado con implementación en FPGA. Se considera una maniobra desafiante y genérica con perturbaciones de viento variables en el tiempo y parámetros del modelo de incertidumbre.