El estrés por sequía, que se está volviendo más prevalente debido al cambio climático, es un factor abiótico significativo que impacta negativamente la producción de cultivos y la estabilidad del rendimiento. La soja cultivada, un cultivo versátil para humanos y animales, muestra sensibilidad a la sequía, lo que resulta en un crecimiento y desarrollo reducidos en condiciones de sequía. Sin embargo, pocos estudios genéticos han evaluado la respuesta de la soja silvestre al estrés por sequía. En este trabajo, realizamos un estudio de asociación a nivel genómico (GWAS) y un análisis de accesiones de soja silvestre para identificar loci responsables de la tolerancia a la sequía en las etapas vegetativa (n = 187) y de germinación (n = 135) utilizando los datos de resecuenciación disponibles. El análisis GWAS de la puntuación de marchitez de las hojas (LWS) identificó ocho polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) en los cromosomas 10, 11 y 19. De estos, las sojas silvestres con ambos SNPs en los cromosomas 10 (adenina) y 11 (timina) produjeron una menor LWS, lo que indica que estos SNPs tienen un papel importante en el efecto genético sobre la LWS para la tolerancia a la sequía en la etapa vegetativa. En la etapa de germinación, se identificaron nueve SNPs asociados con cinco mediciones fenotípicas en los cromosomas 6, 9, 10, 13, 16 y 17, y las regiones genómicas identificadas en la etapa de germinación fueron diferentes de las identificadas para la LWS, apoyando nuestro hallazgo previo de que puede no haber una correlación robusta entre los genes que influyen en los fenotipos en las etapas de germinación y vegetativa. Esta investigación beneficiará a los programas de mejoramiento asistido por marcadores destinados a mejorar la tolerancia a la sequía en las sojas.