Las celdas de combustible microbianas (MFC) son una forma de energía verde con buenas perspectivas, que proporciona una solución efectiva al problema del desarrollo insostenible de la energía en la actualidad. Con el objetivo de abordar el problema de que las MFC son susceptibles a diversas perturbaciones externas, se diseña en este documento un controlador de modo deslizante (SM) para las MFC. El controlador puede reducir efectivamente la influencia de la perturbación externa en la salida de voltaje y mejorar la practicidad de las celdas de combustible microbianas (MFC). Al mismo tiempo, con el objetivo de abordar el problema de oscilaciones del control SM básico, se propone un método de control de modo deslizante difuso (FSM) combinando la teoría de lógica difusa y el control SM. El método de diseño del controlador FSM se presenta utilizando la teoría de Lyapunov. El método puede ajustar adaptativamente los parámetros de acuerdo con la diferencia entre el valor real de la concentración del sustrato y el valor establecido. El controlador puede reducir el parpadeo de entrada del sistema y la influencia de las perturbaciones externas en la salida del sistema. Los resultados de simulación muestran que, en comparación con el control SM y el control de retroceso, el método diseñado tiene un menor error en estado estacionario y sobreimpulso.