Con el creciente despliegue de sistemas no tripulados en patrullas marítimas, monitoreo costero y mapeo ambiental, lograr una colaboración efectiva entre UAV y USV en entornos dinámicos sigue siendo un desafío. Este documento propone un marco de control colaborativo impulsado por inteligencia en el borde que integra modelado de datos unificado, programación de tareas multiobjetivo, middleware ligero tolerante a fallos y fusión de múltiples sensores. Un Filtro de Kalman Ponderado combina datos de imagen de UAV y datos de sonar de USV para mejorar la precisión de percepción, mientras que NSGA-II optimiza la asignación de tareas considerando el tiempo de finalización, el consumo de energía y la fiabilidad de detección. El marco fue validado a través de escenarios marítimos representativos, incluyendo patrullas y mapeo de sedimentos costeros, en una plataforma de simulación virtual. Los resultados muestran una mejora en la eficiencia de las tareas, la utilización de energía, la latencia de comunicación y la robustez en comparación con enfoques de programación de plataforma única y centralizada. El método propuesto proporciona una optimización equilibrada de la eficiencia de ejecución, el consumo de energía, la precisión de los datos y la resiliencia, ofreciendo una solución fiable para aplicaciones marítimas a gran escala.