Las plataformas aéreas integradas (IAP), compuestas por múltiples vehículos aéreos no tripulados (UAV), pueden realizar tareas como la captura aérea y la manipulación cooperativa. En este artículo, introducimos y diseñamos una IAP con capacidad de deformación activa impulsada por juntas. Durante la deformación y tareas como la captura aérea, las variaciones dependientes de la configuración en la inercia y el centro de masa (CoM) desafían la estabilidad del control. Para abordar este problema, se desarrolla un esquema de control adaptativo de referencia geométrica (MRAC) en SO(3) para garantizar un control robusto y desacoplado bajo estas condiciones variables en el tiempo. La estabilidad casi global del sistema en lazo cerrado se establece rigurosamente a través de un análisis basado en Lyapunov y se verifica en simulaciones. Las ventajas del controlador propuesto se validan aún más a través de experimentos de deformación en el mundo real en un prototipo autodesarrollado, que realiza con éxito tareas de captura aérea y ensamblaje.